کلیساهای تاریخی منطقه آزاد ارس یکی از جاذبه های گردشگری این منطقه و استان است که هرساله به خصوص در تعطیلات عید نوروز مورد توجه بازدیدکنندگان و مسافران قرار می گیرد. کلیسای سنت استپانوس، کلیسای ننه مریم و کلیسای چوپان هر کدام دارای ویژگی های منحصربفرد معماری و تاریخی هستند که ارزش بازدید چندباره را دارند. این کلیساها تقریبا در یک محدوده در غرب جلفا و در حاشیه رود پر پیچ و خم ارس قرار گرفته اند و به همین دلیل گردشگران می توانند در یک روز از هر سه کلیسای تاریخی بازدید نمایند. به دلیل قرار گرفتن کلیساهای ثبت جهانی شده در منطقه آزاد ارس، این منطقه تنها منطقه آزاد کشور است که اثر ثبت جهانی شده در خود جای داده است.

سنت استپانوس؛ پربازدیدترین اثر تاریخی ارس
این کلیسای زیبا و قدیمی همواره مورد توجه مسافران و گردشگران در فصول مختلف سال قرار دارد به طوریکه سال گذشته عنوان پربازدیدترین اثر تاریخی استان در عید نوروز را به خود اختصاص داده است. کلیسای سنت استپانوس دومین کلیسای مهم ارامنه ایران پس از قره کلیسا بوده و دارای اهمیت بین المللی است. این بنای تاریخی که به کلیسای خرابه نیز معروف است، در 26 كيلومتری غرب شهر جلفا در محلی به نام قريه قزل وانگ (صومعه قرمز) در منطقه دره شام واقع شده است. سنت استپانوس برگرفته شده از نام استپانوس یا همان استفان در زبان ارمنی (شهید اول راه مسیحیت) است و در اغلب کشورهای جهان کلیساهای متعددی با همین نام وجود دارد. وی در ۲۶ دسامبر سال ۳۶ میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسار شد.
این بنا از قدمت تاریخی زیادی برخوردار است و در مورد تاریخچه ساخت آن اظهارات فراوانی وجود دارد. عده ای آن را از بناهای اوایل مسیحیت و برخی نیز چون تاورنیه جهانگرد فرانسوی قدمت آن را را به دوره صفویه نسـبت می دهند. درحـالیکه شیوه معماری بنا و مصالح ساختمانی آن نشان دهنده این مطلب است که این کلیسا در بین قرن چهارم تا ششم هجری مابین قرون دهم تا دوازدهم میلادی ساخته شده است و سبک معماری آن تلفیقی از شیوه های مختلف معماری اورارتو، اشکانی و رومی است.
کلیسای مذکور در محوطه ای محصور شده از درختان و در دره سرسبزی واقع شده که حصاری سنگی آن را احاطه کرده و آن حصار باروئی بلند با هفت برج نگهبانی و پنج پشت بند استوانه ای سنگی شبیه به دژهای مستحکم دوره ساسانی و قرون اولیه اسلامی دارد. دروازه این بارو در وسط دیوار غربی تعبیه شده و دارای دری چوبی ـ آهنین می باشد و نقش برجسته ای از حضرت مریم (ع) و دوران کودکی حضرت عیسی (ع) در پیشانی طاق نمای آن به چشم می خورد. بنای این کلیسا از سه قسمت اصلی برج ناقوس، نمازخانه، اجاق دانیال تشکیل شده است. گشت و گذار داخل این کلیسای تاریخی برای بازدیدکنندگان متفاوت و آرامشبخش است.

موزه و نمایشگاه عکس در سنت استپانوس
هر سایت جهانی و به خصوص سایت های تاریخی که ثبت جهانی شده اند، نیازمند داشتن موزه هستند و این موزه ها به دلیل وجود گردشگرانی از سراسر دنیا، دارای ارزش و اهمیت بالایی هستند. از این رو موزه کلیسای سنت استپانوس نیز دارای ارزش و اهمیت بالایی است. با تاسیس و افتتاح موزه کلیسای سنت استپانوس، امسال برای اولین بار گردشگران نوروزی میتوانند از این موزه تاریخی هم دیدن کنند. در این موزه اشیای تاریخی کشف شده از خود کلیسا، اشیای تاریخی کشف شده از سایر کلیساهای منطقه و اشیای مردم شناسی ارامنه منطقه و کتب، اسناد و دست نوشته ها نگهداری می شود.
ضمن اینکه نمایشگاه عکس کلیساهای ثبت جهانی شده منطقه آزاد ارس در کلیسای سنت استپانوس افتتاح شده و در معرض دید عموم گردشگران قرار گرفته است. عکس های این نمایشگاه بر اساس فراخوان منتشر شده از بین آثار ارسالی 13 عکاس از کشورهای ایران، فرانسه و کانادا، انتخاب شده و شامل 30 عکس از کلیساهای چوپان، سنت استپانوس و سایر کلیساهای ثبت جهانی شده ایران است. عکس های ارائه شده در این نمایشگاه به صورت یک کتاب منتشر شده و در دسترس علاقمندان قرار خواهد گرفت.

کلیسای چوپان؛ ساده در دل طبیعت
کلیسای چوپان یا نمازخانه چوپان که در زبان محلی به ناخیرچی مشهور است، در ۵ کیلومتری غرب شهر مرزی جلفا، در کنار رودخانه ارس و در میان کوه های رسوبی سرخ رنگ قرار گرفته است. پلان کلیسا از خارج مربعی شکل به ابعاد ۵/۷ × ۷/۷ متر و از داخل صلیبی شکل بوده و به طور کلی کلیسای کوچکی محسوب می شود. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و محراب آن در سمت شرق بنا می باشد. داخل کلیسا خیلی کوچک است و بیش از 10 نفر در آن جای نمی گیرد. در سمت غرب کلیسا آثار و بقایای بنای ویران شده ای موجود است که احتمالاً بخشی از کلیسا را تشکیل داده است. در محوطه اطراف کلیسا سنگ صلیب هایی بوده است که جهت حفظ آنها تعدادی به تبریز منتقل گردیده است.
از نقاط قابل توجه در مورد این بنا می توان به وجود کلیسای مخروبه مشابهی در آن سوی ارس (خاک جمهوری آذربایجان) اشاره کرد که درست در نقطه مقابل این کلیسا قرار دارد. این کلیسا نیز در فهرست یونسکو ثبت شده است.

کلیسای ننه مریم
کلیسای نه نه مریم در منطقه دره‌شام جلفا و در محل تلاقی دو رودخانه آق چای و ارس واقع شده است.این کلیسا فاقد حجاری بوده و تنها بر روی دیوار غربی آن دو سنگ صلیب حجاری شده است.در نزدیکی کلیسا بقایای ویرانه هایی از خانه های روستایی و قبرستان ارامنه با تعدادی سنگ صلیب قرار دارد که اکثرا تاریخ قرن 11 را نشان میدهند.
کلیسا دارای یک پلان مستطیل شکل است به جهت شرق به غرب که سقف و گنبد آن بر روی چهار ستون تکیه دارد، به صورتی که هر یک از ستون‌ها توسط چهار قوس در چهار جهت به ستون‌های مقابل و دیوارهای بنا متصل هستند. ورودی اصلی کلیسا در قسمت غرب بنا قرار دارد که در جلوی آن بقایای بنایی که احتمالاً ناقوس‌خانه کلیسا بوده به چشم می‌خورد.‌ محراب کلیسا دارای حجاری‌های ساده و‌ زیبایی است‌، در دو سمت محراب دو اتاق چهارگوش ساخته شده ‌و بر روی سر در ورودی کلیسا نوشته‌ای به زبان ارمنی در ارتباط با تاریخ بنای کلیسا نصب شده است، در بافت دیوارهای داخل کلیسا و کنار نورگیرها صلیب سنگ‌هایی به چشم می‌خورد. در مجاورت کلیسا بقایای ساختمان‌هایی به چشم می‌خورد که احتمال می‌رود در گذشته محل اسکان راهبان این کلیسا بوده است‌، در فاصله کمی از این محل قبرستان قدیمی کلیسا نیز با سنگ‌های حجاری شده خودنمایی می‌کند.
کلیسای ننه مریم در 20 کیلومتری غرب جلفا، در منطقه دره شام از توابع شهر جلفای استان آذربایجان‌شرقی و در محل تلاقی دو رودخانه آق‌چای و ارس واقع شده است. این کلیسا ‌که زمانی زیارتگاه ارمنیان ایران بوده در سال 1518 میلادی به دست ارمنیان ساکن روستای دره شام بنا شده ‌و بنا بر شواهد تاریخی، حدود 30 خانوار ارمنی در روستاهای منطقه زندگی می‌کرده‌اند اما امروزه کاربری خود را از دست داده و به مکانی ‌برای بازدید مسافران تبدیل شده است.