در ماده 20 قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي آمده است"ورود و خروج سرمايه و سود حاصل از فعاليتهاي اقتصادي در هر منطقه آزاد مي باشد." كه ضوابط اجرائي جلب و حمايت سرمايه گذاران در هر منطقه و چگونگي مشاركت خارجيان در فعاليتهاي هر منطقه پس از تصويب هيات محترم وزيران جهت اجراء ابلاغ گرديد.
اجراي تنظيمات قانوني با گذشت زمان و مواجه شدن با انواع ديگر موانع اجرائي براي جذب سرمايه، سرمايه گذاران وناكارآمدي مصوبات قبلي موجب شدتا در تاريخ 30/4/1378 ماده 21 قانون چگونگي
اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي بازنگري و بشرح زير اصلاح شود.

ماده 21: حقوق قانوني سرمايه گذاران خارجي كه پذيرش سرمايه آنها به تصويب هيات وزيران رسيده است، مورد تضمين و حمايت است، سرمايه، سرمايه گذاران مزبور چنانچه در مواردي به وسيله قانون به نفع عموم ملي شود. يا اينكه از سرمايه گذاران ياد شده سلب مالكيت شود، جبران عادلانه خسارت به عهده دولت مي باشد.
با توجه به اهميت جذب سرمايه و ايجاد اعتماد و اطمينان در فعالين اقتصادي داخلي و خارجي كه سرمايه
آنان در مناطق آزاد در حمايت قانون قرار دارد و هر گاه سرمايه گذاران مايل باشند،قادرند سرمايه، منافع و
سود سرمايه گذاري حاصل از فعاليتهاي مجاز اقتصادي خود را بخارج از كشور منتقل نمايند. بدين لحاظ يكسال پس از تصويب قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي مقررات سرمايه گذاري در
مناطق آزاد در تاريخ 19/2/1373به تصويب هيات محترم وزيران رسيد. با اجراي اين آئيننامه در عمل لازم بود كه اصلاحاتي در مفاد مندرج در مقررات سرمايه گذاري در مناطق آزاد انجام شود. كه ماده (ده) و تبصره ذيل آن در تاريخ 19/3/1380 بشرح زير اصلاح شد.
ماده 10: سرمايه، سرمايه گذاران خارجي كه طبق ماده (6) اين مقررات به مناطق وارد مي شود مورد حمايت اين مقررات بوده و از مزايا و تسهيلات آن برخوردار مي باشند.
تبصره: سرمايه، سرمايه گذاران خارجي كه پذيرش آنها مطابق تبصره (1) ماده (6) اين مقررات به تصويب اكثريت وزراي عضو شوراي عالي مناطق آزاد رسيده باشد. چنانچه در مواردي به وسيله قانون به نفع عموم ملي شود يا اينكه از سرمايه گذاران ياد شده سلب مالكيت شود. جبران عادلانه خسارت به عهده دولت جمهوري اسلامي ايران مي باشد...
تسريع در فراهم سازي امكان خروج سرمايه، سرمايه گذاران بمدت حداكثر يك هفته پس از اجراي تبصره ذيل ماده (12) مقررات سرمايه گذاري در مناطق آزاد از ديگر ابزارهاي تشويقي جذب سرمايه بشمار
مي آيد. زيرا طبق ماده 12 همين مقررات "خروج سود ويژه و مبالغ مربوط به اصل و منافع حاصل از فعاليتهاي اقتصادي سرمايه هاي خارجي و سرمايه هاي ارزي ايرانيان و همچنين مبالغ ناشي از فروش يا واگذاري اينگونه سرمايه ها از مناطق مجاز است."
در صورتيكه سرمايه گذاران بمنظور سرمايه گذاري در يكي از مناطق آزاد از تسهيلات مالي بانكها و موسسات مالي بين المللي استفاده نموده اند، مجازند با اطلاع سازمانهاي مناطق آزاد بمنظور پرداخت اقساط اصل وام و هزينه هاي متعلقه اقدام نمايند. انتقال سرمايه از يك منطقه آزاد به ديگر مناطق، با رعايت مقررات سرمايه گذاري در مناطق مبداء و مقصد مجاز بوده و سرمايه گذاران مي توانند سهام يا سهم الشراكه خود را به ديگر سرمايه گذاران واگذار كنند.
تصويب مقررات ورود و اقامت اتباع خارجي در مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي از ديگر مواردي است كه ميتواند از اجراي فرايندهاي طولاني اجازه كار و صدور رواديد براي اتباع خارجي پيش گيري نموده، و علاوه بر آن، مقررات صادرات، واردات و امور گمركي در مناطق آزاد موجب تسريع در گردش سرمايه تجار و بازرگانان خارجي كه در مناطق فعاليت دارند، ميشود.
از نظر ماهيت ورود سرمايه و تامين منابع مالي در مناطق آزاد به سه دسته قابل تقسيم است: